Es la continuación del original Genshiken. El nuevo anime sigue la vida de un grupo de Otakus universitarios pertenecientes al club “La Sociedad por el Estudio de la Cultura Visual Moderna”. Cuando la mayoría de los miembros anteriores se han graduado, los miembros restantes del Genshiken original reclutan nuevos adeptos, quienes resultan ser en su mayoría chicas fans del yaoi, lo cual dará lugar a muchas situaciones divertidas y embarazosas.